明初朱元璋命关羽祠庙重新恢复“寿亭侯祠”。洪武二十七年（1394年）建庙于南京鸡鸣山，列入祀典。嘉靖年间恢复“义勇武安王”爵号。万历十八年（1590年）潘季驯治漕河，封高家堰关庙主神为“协天护国忠义大帝”。此为封关羽帝号之始。从此大运河沿途竞相建立关庙，以祈保人流物转之平安。此为后世关羽司职财神重要缘由之一。万历二十二年（1595年）敕解州关庙神主称帝。万历四十二年（1614年）敕封天下关庙之神为“三界伏魔大帝神威远镇天尊关圣帝君”，此为天下关庙俱可称帝之始。自此关羽成为无上尊神。
清兵入关以前，满洲朝廷已经开始崇敬关公。努尔哈赤建立后金政权的前一年（1615年），即在赫图阿拉城（今辽宁新宾县）内城南门修建关帝庙，是后金国初七大庙之一。皇太极崇德八年（1643年）以沈阳为京城，即敕建关庙，赐额“义高千古”。雍正三年（1725年）颁诏“追封关帝三代俱为公爵，牌位止书追封爵号，不著名氏。于京师白马关帝庙后殿供奉，遣官告祭。其山西解州、河南洛阳县冢庙，并各省府州县择庙宇之大者，置主供奉后殿，春秋二次致祭。”此为关羽列入符合儒家规范之国家祭祀主神，护国佑民的开始。乾隆四十一年（1776年）颁诏“所有《（三国）志》内关帝之谥，应改为‘忠义’”。咸丰四年（1854年）颁诏更定关庙祭礼，与祭孔规格全然相同。
清代顺治开始，历代皇帝对于关公屡有崇封，光绪时达到26字：“忠义神武灵佑仁勇威显护国保民精诚绥靖翊赞宣德关圣大帝”，为历朝人臣之最。此外，清廷坤宁宫还特别保留有满洲原始信仰“堂子祭”，朝祀释伽牟尼佛、观世音菩萨、关圣帝君等。每年正月初二，每月初一，四月初八佛诞日，三、九月马祭、四季献神及萨满特有的杀猪供祭卜吉，求佛柳祭等场合，均有对“三军之帅、关圣帝君”的祷告奉献，非常虔敬。这个风习在清代宫廷里贯彻始终。满人民间家祭所供三神位，亦有关公，可知崇祀之深。